Quốc lộ 10 chạy dọc Yên Khánh nối từ thành phố Ninh Bình tới huyện Kim Sơn. Đây là địa phương có dự án Đường cao tốc Ninh Bình - Hải Phòng - Quảng Ninh đi qua.

Địa hình của huyện Yên Khánh là đồng bằng tương đối bằng phẳng, không có núi non, mạng lưới sông ngòi phân bố tương đối đều. Dòng sông Đáy chảy qua 11 xã phía đông bắc với tổng chiều dài 37,3 km. Dòng sông Vạc chảy qua 7 xã phía tây với chiều dài 14,6 km, thuận lợi cho việc tưới tiêu phục vụ sản xuất và đời sống.

Yên Khánh nằm trong vùng khí hậu nhiệt đới gió mùa, gần biển nên mát mẻ. Tuy vậy, thời tiết vẫn chia thành 2 mùa rõ rệt. Mùa hạ nắng nóng, có ảnh hưởng của gió mùa Tây Nam. Mùa đông, ảnh hưởng khá lớn của gió mùa Đông Bắc, có sương muối nhưng không nhiều như các huyện phía bắc của tỉnh.

Theo Quyết định số: 2179/ QĐ-UBND ngày 17 tháng 9 năm 2007 của UBND tỉnh Ninh Bình V/v phê duyệt Quy hoạch giao thông đường thuỷ nội địa tỉnh Ninh Bình đến năm 2015 và định hướng phát triển đến năm 2020 thì Yên Khánh có các cảng và các bến đò đường thủy sau:

• Cảng Đò Mười: tại xã Khánh Thành, Yên Khánh.
• Cảng Khánh An: tại phía hữu sông Đáy, thuộc xã Khánh An huyện Yên Khánh
• Cảng Xanh: xã Khánh Thiện- huyện Yên Khánh.
• Các bến cảng sông khác: bến Khánh An, bến Khánh Hoà (sông Vạc)

Dưới đây là danh sách các bến đò ở Yên Khánh: